Pokémon Puzzle Challenge - Le mode Challenge

Dans Pokémon Puzzle Challenge, il existe un mode appelé mode Challenge, où le but du jeu de faire l'aventure des jeux Pokémon Or et Argent dans la région de Johto, à la conquête des Arènes et de la Ligue Pokémon en tant que Gold. Vous devrez enchaîner des combos (de plus de 4 blocs) pour infliger des dégâts aux Champions d'Arène. D'autres dresseurs peuvent apparaître et vous défieront, en les battant, vous ajouterez la page du Pokémon à votre Pokédex.